Pourquoi les tests qPCR sont devenus une alternative puissante aux tests de culture
Deux méthodes sont largement utilisées pour tester la présence de bactéries Legionella dans les approvisionnements en eau : les tests de culture et test de réaction en chaîne par polymérase (PCR).
Depuis plus de 150 ans, les tests de culture sont utilisés pour diagnostiquer la maladie. En cours de route, il est devenu le « gold standard » pour la détection de diverses souches de bactéries, y compris Legionella. Mais, au cours des dernières décennies, les tests PCR (en particulier, PCR quantitative ou qPCR) sont devenus une alternative de test puissante pour la détection des agents pathogènes, préférée par de nombreux experts en santé publique pour sa rapidité, sa précision et sa facilité d'utilisation. UNE 2013 examen ont constaté que, sur 28 études utilisant les deux méthodes, 26 ont détecté Legionella à un taux plus élevé en utilisant la qPCR par rapport aux tests de culture.
Examinons chacune de ces méthodes et leur utilisation dans la détection des bactéries Legionella.
Comment les tests de culture sont-ils utilisés pour détecter Legionella ?
Le test de culture est la méthode traditionnelle pour identifier la présence de bactéries Legionella dans les sources d'eau, telles que tours de refroidissement. La culture est le processus consistant à prélever un échantillon de bactéries présentes dans une source d'eau et à lui permettre de se développer pendant un certain temps dans une boîte de Pétri ou un autre milieu, jusqu'à ce qu'il soit visible et puisse être analysé.
Bien que les tests de culture soient efficaces, ils présentent plusieurs inconvénients lorsqu'ils sont utilisés comme seule méthode pour identifier les Legionella dans une source d'eau. Le plus important d'entre eux est le temps qu'il faut (jusqu'à deux semaines) pour cultiver un échantillon. Depuis le temps qu'un épidémie de maladie du légionnaire est suspectée, beaucoup plus de personnes peuvent être exposées à la bactérie - la fermeture d'un bâtiment pendant les tests peut ne pas être une option viable - avant que sa présence ne soit confirmée par les seuls tests de culture.
Un autre inconvénient de la culture est l'équipement spécialisé et le personnel requis pour le faire correctement. Les légionelles doivent être cultivées dans un environnement hautement contrôlé, à la bonne température et avec les bons nutriments, pour éviter de multiplier le mauvais micro-organisme, compromettant ainsi l'échantillon.
De plus, les bactéries Legionella se développent généralement dans une couche protectrice de cellules plus grosses, appelées un biofilm. Le biofilm se fixe aux parois intérieures ou aux tuyaux et recueille les nutriments qui sont absorbés par les bactéries résidentes. Lorsqu'il est placé sur une boîte de Pétri, le biofilm peut empêcher la croissance de ce qu'il contient, ce qui rend leur culture difficile.
Comment les tests qPCR sont-ils utilisés pour détecter Legionella ?
Jusqu'à récemment, les tests de culture étaient considérés comme la méthode la plus fiable pour détecter les Legionella dans les environnements. Mais les récents progrès de la biotechnologie ont produit une méthode qui a fait ses preuves pour fournir des résultats plus rapides et plus précis : Test de qPCR.
Plutôt que de cultiver certaines bactéries pour les observer, le test qPCR isole l'acide désoxyribonucléique (ADN) d'un échantillon. Ce processus nécessite la présence d'une quantité beaucoup plus faible de bactéries, ce qui signifie que l'échantillon n'a pas besoin d'être cultivé pour le détecter. Pour cette raison, un test qPCR peut identifier Legionella dans un échantillon en moins de deux heures — beaucoup plus rapide qu'un test de culture — tout en détectant également les bactéries viables mais non cultivables (VBNC), fournissant une image plus complète du risque.
Que ce soit en raison de traitements chimiques dans les systèmes d'eau ou à l'abri dans des biofilms, les bactéries peuvent rester en sommeil et ne se développeront pas dans une boîte de Pétri. Cela pose des problèmes pour les tests de culture mais, comme l'ADN est toujours présent, que les bactéries soient dormantes ou non, les tests qPCR peuvent identifier les bactéries dormantes présentes dans un échantillon.
La Le CDC recommande l'utilisation des deux méthodes de test, dans la mesure du possible, dans son guide pour l'élaboration d'un plan de réponse à la maladie du légionnaire.
Comment puis-je convertir les résultats de la qPCR pour qu'ils ressemblent aux méthodes de culture ?
Étant donné que de nombreux opérateurs aiment que les résultats soient rapportés dans un format qui leur est familier, il est possible de convertir les copies de gènes / ml obtenues à partir d'une réaction qPCR en cellules / ml approximatives, ce qui est un calcul basé sur la quantité moyenne de copies de gènes. par organisme déterminé à partir des recherches de la littérature.
Pour LuminUltra tests de qPCR comme Legionella spp. ou Total E. Coli qui ont des cibles spécifiques génétiquement définies, il est facile de convertir des copies de gènes/mL en cellules/mL car toutes les espèces couvertes appartiennent au même genre et sont génétiquement similaires.
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