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Conversion des résultats qPCR pour ressembler aux résultats de la méthode de culture

La connaissance des résultats est importante

Étant donné que de nombreux opérateurs aiment que les résultats soient rapportés dans un format qui leur est familier, il est possible de convertir les copies de gènes / ml obtenues à partir d'une réaction qPCR en cellules / ml approximatives, ce qui est un calcul basé sur la quantité moyenne de copies de gènes. par organisme déterminé à partir des recherches de la littérature.

Pour le LuminUltra tests de qPCR comme Legionella spp. ou Total E. Coli qui ont des cibles génétiquement définies spécifiques, il est facile de convertir des copies de gènes / ml en cellules / ml car toutes les espèces couvertes sont du même genre et sont génétiquement similaires. Nous pouvons dire avec une grande confiance que la moyenne Legionella les bactéries contiennent 1 copie de gène par organisme, principalement parce que les bactéries sont bien étudiées et rapportées dans la littérature scientifique.

Pour le LuminUltra Les dosages de qPCR comme les procaryotes réducteurs de sulfate (SRP), le calcul des cellules / mL comprend plus d'incertitude en raison de l'énorme diversité d'organismes capables de réduire le sulfate, dont certaines espèces peuvent être séparées par quelques centaines de millions d'années d'évolution divergente. La réduction des sulfates est une fonction métabolique, pas une définition génétique, et donc les dosages de qPCR conçus pour détecter et quantifier ces organismes doivent souvent cibler différents gènes qui sont présents dans les différentes lignées phylogénétiques des réducteurs de sulfate. En outre, nombre de ces organismes ne sont pas facilement cultivables et peuvent ne pas contenir le même nombre de copies de gènes par organisme par rapport à d'autres classes ou même à des domaines de réducteurs de sulfate. Le calcul de cellule / mL pour SRP repose sur la recherche de la littérature scientifique pour déterminer un nombre moyen de copies de gène par organisme, ce qui permet la conversion de copies de gène / mL en cellules / mL estimées.

Étant donné que l'UFC / mL est la méthode la plus courante et la plus connue de communication des données d'analyses microbiologiques, de nombreux exploitants de réseaux d'eau aiment pouvoir comparer les nouvelles techniques à cette méthode existante. En général, le but de CFU / mL ou cellules / mL est de représenter la concentration d'organismes potentiellement pathogènes (dans le cas de la santé publique) ou industriels nuisibles. Les méthodes basées sur la culture tentent cette mesure en comptant les unités formant des colonies, qui ont probablement été créées par une seule «unité» (cellule) qui s'est ensuite développée pour produire une colonie visible. De même, par qPCR, la quantité de copies de gènes est mesurée et convertie en cellules / ml en sachant combien de copies de gènes sont présentes par organisme.

La culture et la qPCR sont toutes deux des méthodes microbiologiques essayant de mesurer la concentration d'organismes, cependant, leur méthode pour obtenir ces résultats est très différente. La culture est sujette à des VNBC manquants (cellules viables mais non cultivables), a des limitations basées sur le milieu, la température et le temps de culture qui affectent la population cultivée sur la plaque, et prend généralement de 1 à 14 jours en fonction de l'organisme souhaité. De plus, les résultats sont semi-quantitatifs en raison de la nature subjective du comptage des colonies. qPCR en revanche, capturera l'ADN de tous les organismes vivants quel que soit leur état physiologique, peut traiter des échantillons de tous les types de matrices et fournit des résultats quantitatifs objectifs en 2 heures.

Pour ces raisons, il est difficile de comparer directement CFU / mL aux cellules / mL obtenues par qPCR. Alors que les deux techniques visent à mesurer la même propriété (concentration de microorganismes), leurs différences technologiques inhérentes empêchent leur comparaison directe. Pour les opérateurs qui s'appuient sur des seuils UFC / mL spécifiques pour leurs systèmes, un travail comparatif peut être effectué pour déterminer la corrélation dans un système donné. LuminUltraL 'équipe des applications est toujours disponible pour des questions et pour aider à l' interprétation des données qPCR.

Les tests de qPCR peuvent être effectués en moins de deux heures sur le terrain ou en laboratoire à l'aide de notre GeneCount® Instruments Q-8, Q-16 ou Q-48, avec des kits de purification d'ADN et de tests disponibles pour tous les types d'échantillons.


Mich<span>a</span>el  Thomas

Avec un B.Sc. En chimie médicinale et expérience de l'application et de la vente d'instruments de terrain et de laboratoire, Mike est notre spécialiste des sciences et de la technologie, également connu sous le nom de notre scientifique des applications. Le rôle de Mike consistera à faire en sorte que les clients exploitent pleinement notre plate-forme d’activation logicielle afin de tirer le meilleur parti de leurs données sur la qualité de l’eau. Ses passions sont la musique, la lecture, les grillades et la science, mais pas nécessairement dans cet ordre. Pendant les courts étés du Canada, il passe du temps à essayer les brasseries artisanales locales, à faire des excursions en voiture pour des concerts et à explorer les parcs et les sentiers de randonnée des Maritimes.

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