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Impact des protocoles de conservation des échantillons pour l'analyse métagénomique dans le champ pétrolifère

L'absence de protocoles standardisés et la nature éloignée des champs pétrolifères sont des préoccupations majeures lorsqu'il s'agit de conserver les échantillons pour maintenir l'intégrité de la population microbienne pendant le transport. Ces préoccupations ont conduit Jordan Schmidt, Ph.D., et son équipe à faire un projet de recherche où l'objectif était de discuter d'une lacune majeure avec l'application de la métagénomique dans l'industrie pétrolière et gazière.

La métagénomique dans l'industrie pétrolière et gazière

La mise en œuvre de la métagénomique dans l'industrie pétrolière et gazière a considérablement augmenté au cours des dernières années. Il est utilisé pour une multitude d'applications, notamment:

  • détection d'origine de la corrosion sous influence microbienne (MIC),
  • études d'efficacité des biocides, et
  • évaluations du contenu microbien de l'eau d'injection et de l'eau utilisée pour la fracturation hydraulique.

Protocoles métagénomiques

Une lacune majeure dans l'application de la métagénomique est le manque de protocoles standardisés. En raison de la nature éloignée des champs pétroliers, la préservation des échantillons et le maintien de l'intégrité de la population microbienne pendant le transport sont particulièrement préoccupants. Si elle n'est pas préservée correctement, la composition de la communauté microbienne peut changer entre la collecte d'échantillons et l'extraction d'ADN.

Plusieurs études ont été menées récemment sur la préservation de l'ADN d'échantillons environnementaux. Cependant, aucun consensus n'a été atteint sur la meilleure pratique. Les résultats dépendent souvent des techniques de conservation testées, des types d'échantillons et des organismes cibles examinés. De plus, la plupart des études étaient axées sur des échantillons provenant de l'environnement naturel, très peu d'études portant sur des échantillons associés aux champs pétroliers.

But de la recherche

L'objectif de cette étude était d'évaluer plusieurs techniques de conservation courantes pour les liquides et les solides qui pourraient convenir aux emplacements de champs pétrolifères éloignés. Les techniques testées comprenaient:

  1. filtration suivie d'un séchage à l'air,
  2. stockage de l'échantillon à basse température (réfrigération ou sur glace),
  3. congélation, et
  4. conservation chimique.

Les échantillons séchés à l'air et conservés chimiquement ont été exposés à des températures de stockage (20 à 50 ° C) et des temps de transport différents. Une analyse comparative des données a été réalisée sur les échantillons conservés par rapport à un échantillon non conservé utilisé pour la préparation des échantillons d'ADN immédiatement après le prélèvement. Tous les échantillons d'ADN préparés ont été séquencés en utilisant le séquençage d'ARNr Illumina 16S.

La série étude approfondie a commencé à combler le vide lié à la conservation des échantillons de champs pétrolifères et contribuera à l'élaboration de protocoles normalisés pour l'analyse métagénomique.

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Jordan Schmidt

Jordan est titulaire d'un doctorat en génie civil spécialisé dans le traitement biologique des eaux usées. Au cours de son doctorat, Jordan a participé à des évaluations sur le terrain à grande échelle d'étangs de stabilisation des déchets municipaux dans le territoire canadien du Nunavut. Il possède une expertise variée incluant la science des données, la conception expérimentale, la programmation statistique et le traitement complet des eaux usées municipales. Lorsqu'il ne travaille pas, Jordan pratique le kayak de mer, le camping dans l'arrière-pays dans le parc national Kejimkujik et l'escalade.

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