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Présentation de la solution: GeneCount® Services NGS

Séquençage du gène d'ARNr 16S

LuminUltra's GeneCount® Le service de séquençage de nouvelle génération (NGS) fait passer la surveillance microbienne au niveau «suivant» en séquençant le gène d'ARNr 16S, qui est présent dans toutes les bactéries et les archées. Ce gène contient des sections qui permettent aux organismes individuels d'être différenciés les uns des autres et classés au niveau du genre. Sur la base de cette classification, nous obtenons des informations sur la façon dont ils pourraient avoir un impact sur les systèmes d'eau industriels.

 

Processus simple pour conserver l'échantillon

GeneCount® Le service de test NGS commence par la conservation au point d'échantillonnage à l'aide de notre kit de conservation d'échantillons simple pour liquides, solides ou écouvillons. Une fois conservé, l'échantillon sera stable jusqu'à 4 semaines. Aucune expédition accélérée ou de la chaîne du froid n'est requise. Un kit de conservation des échantillons est inclus avec chaque contrat de service NGS.

 

Extraction et purification d'ADN

À la réception de votre échantillon, l'ADN conservé sera extrait et purifié pour créer un échantillon d'ADN concentré de haute qualité, prêt à être testé. Le processus de purification de l'ADN supprimera également les interférences liées à votre matrice d'échantillon - telles que le chlore résiduel, les molécules d'hydrocarbures ou les chélateurs.

 

qPCR pour déterminer les procaryotes

qPCR sera exécuté sur votre échantillon purifié pour déterminer la concentration absolue de procaryotes présents dans l'échantillon. Ces résultats seront utilisés plus tard pour estimer les concentrations de différents genres à partir des résultats du NGS. Une amplification par PCR sera effectuée afin d'augmenter la concentration totale d'ADN avant le séquençage métagénomique.

 

Le marquage unique distingue les échantillons

Après cela, une étiquette d'identification unique sera ajoutée à l'ADN de votre échantillon. Cette étiquette d'identification lui permet de se distinguer de tous les autres échantillons qui seront séquencés simultanément.

 

Séquençage ADN

Après amplification et marquage ID, plusieurs échantillons sont combinés en ce que l'on appelle une «bibliothèque» pour le séquençage d'ADN, ce qui prend environ 24 heures. Les données brutes produites par séquençage prennent la forme de fichiers spécialisés au format .fastq qui doivent être traités ultérieurement à l'aide de logiciels spécialisés via des techniques informatiques appelées collectivement «bioinformatique». Ces fichiers (deux par échantillon) seront ensuite analysés avec notre base de données NGS, qui a été construite en utilisant les entrées de bases de données publiques comme Silva, des recherches documentaires et de nos propres recherches sur des industries spécifiques et les micro-organismes associés à ces industries.

 

Des informations exploitables livrées en deux semaines

À partir de cela, le rapport NGS final est généré, qui comprend les concentrations estimées pour une variété de genres pertinents pour l'application, ainsi que leurs abondances relatives les unes par rapport aux autres. Les types d'organismes problématiques sont mis en évidence et des actions d'atténuation peuvent être mises en œuvre sur la base de ces informations.

Les tests NGS offrent un tout nouveau niveau de données qui signifie que les opérateurs et les gestionnaires de systèmes peuvent mieux comprendre les organismes vivant dans leurs systèmes et processus, afin qu'ils puissent prendre des décisions éclairées. Découvrez comment LuminUltra's GeneCount® Service NGS peut aider votre système et votre processus.


Michel Waud

Écologiste microbien de formation, Michael a obtenu son B.Sc de l'Université de Guelph et ses M.Sc et Ph.D. de KU Leuven (Belgique). Il s'efforce de comprendre les interactions complexes qui se produisent au sein des communautés microbiennes et cherche à démêler leurs influences sur les environnements dans lesquels ils vivent. Outre sa curiosité permanente pour le monde vivant, Michael passe son temps à cuisiner, à peindre et à essayer de dormir à travers le ronflement de son Boston Terrier.

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