Il n'existe pas de méthode universelle pour cataloguer les organismes ou convertir les données de séquençage en données taxonomiques. Par conséquent, un examen minutieux de la méthodologie, ainsi que des résultats, est nécessaire lors de l'analyse des données associées à l'ADN. Trois des subtilités sont discutées ci-dessous:
Candidatus
La dénomination formelle des organismes est déterminée par un ensemble de règles appelé Code international de nomenclature des procaryotes. Pour qu'un organisme soit approuvé et nommé, certaines conditions sont requises, notamment la culture et le stockage dans une collection de cultures, telles que American Type Culture Collection. Les individus peuvent ensuite obtenir un échantillon de l'organisme de la collection de cultures pour une étude ou une utilisation ultérieure. L’augmentation du séquençage de l’ADN a ouvert le potentiel de caractérisation d’organismes difficiles à cultiver et à stocker. La pratique développée consiste à ajouter le statut provisoire de Candidatus (Latin pour candidat) au nom de l'organisme.
Dans les systèmes d'ingénierie, Candidatus l'organisme s'est avéré très important. Par exemple, dans les systèmes de traitement des eaux usées, plusieurs accumulations importantes de phosphore (c.-à-d. Candidatus Accumulibacter) et annamox (c.-à-d. Candidatus Brocadia, Candidatus Scalindua).
Bases de données taxonomiques
Il existe de nombreuses bases de données taxonomiques pouvant être utilisées pour traduire les lectures de séquençage (la chaîne de nucléotides C, G, A et T produite par l'équipement de séquençage) en un arbre taxonomique contenant des informations sur le royaume, le phylum, la classe, l'ordre, la famille. et genre. Pour le séquençage 16S, très courant pour l’étude des bactéries et des archées, des bases de données couramment utilisées, notamment SILVA, RDP et Greengenes.
Chacune de ces bases de données diffère légèrement dans leur composition, y compris le nombre total d'organismes. Le séquençage de l’ADN est un domaine en évolution rapide qui entraîne de fréquentes mises à jour des bases de données. Cela peut entraîner des incohérences et des erreurs d'assignation lors de la comparaison de données analysées avec deux bases de données taxonomiques différentes.
JGI 0001001-H03
Quel organisme est JGI 0001001-H03? Souvent, dans vos résultats, vous verrez des organismes avec des noms alphanumériques apparemment insignifiants et apparemment aléatoires. Ces organismes ont été identifiés par séquençage, mais ils ne sont pas nécessairement bien caractérisés. Les organismes sont souvent soumis à des bases de données génétiques plus importantes telles que le NCBI (Centre national d'information sur la biotechnologie) et à des noms informels. Au fur et à mesure que l’organisme se caractérise, un nom plus formel lui est attribué. Par exemple, WSA2, un méthanogène, a récemment été renommé Candidatus Methanofastidiosum après avoir été étudié et caractérisé par: Nobu et. al. (2016).
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