Impact des protocoles de conservation des échantillons pour l'analyse métagénomique dans le champ pétrolifère

L'absence de protocoles standardisés et la nature éloignée des champs pétrolifères sont des préoccupations majeures lorsqu'il s'agit de conserver les échantillons pour maintenir l'intégrité de la population microbienne pendant le transport. Ces préoccupations ont conduit Jordan Schmidt, Ph.D., et son équipe à faire un projet de recherche où l'objectif était de discuter d'une lacune majeure avec l'application de la métagénomique dans l'industrie pétrolière et gazière.

La métagénomique dans l'industrie pétrolière et gazière

La mise en œuvre de la métagénomique dans l'industrie pétrolière et gazière a considérablement augmenté au cours des dernières années. Il est utilisé pour une multitude d'applications, notamment:

  • détection d'origine de la corrosion sous influence microbienne (MIC),
  • études d'efficacité des biocides, et
  • évaluations du contenu microbien de l'eau d'injection et de l'eau utilisée pour la fracturation hydraulique.

Protocoles métagénomiques

Une lacune majeure dans l'application de la métagénomique est le manque de protocoles standardisés. En raison de la nature éloignée des champs pétroliers, la préservation des échantillons et le maintien de l'intégrité de la population microbienne pendant le transport sont particulièrement préoccupants. Si elle n'est pas préservée correctement, la composition de la communauté microbienne peut changer entre la collecte d'échantillons et l'extraction d'ADN.

Plusieurs études ont été menées récemment sur la préservation de l'ADN d'échantillons environnementaux. Cependant, aucun consensus n'a été atteint sur la meilleure pratique. Les résultats dépendent souvent des techniques de conservation testées, des types d'échantillons et des organismes cibles examinés. De plus, la plupart des études étaient axées sur des échantillons provenant de l'environnement naturel, très peu d'études portant sur des échantillons associés aux champs pétroliers.

But de la recherche

L'objectif de cette étude était d'évaluer plusieurs techniques de conservation courantes pour les liquides et les solides qui pourraient convenir aux emplacements de champs pétrolifères éloignés. Les techniques testées comprenaient:

  1. filtration suivie d'un séchage à l'air,
  2. stockage de l'échantillon à basse température (réfrigération ou sur glace),
  3. congélation, et
  4. conservation chimique.

Les échantillons séchés à l'air et conservés chimiquement ont été exposés à des températures de stockage (20 à 50 ° C) et des temps de transport différents. Une analyse comparative des données a été réalisée sur les échantillons conservés par rapport à un échantillon non conservé utilisé pour la préparation des échantillons d'ADN immédiatement après le prélèvement. Tous les échantillons d'ADN préparés ont été séquencés en utilisant le séquençage d'ARNr Illumina 16S.

La étude approfondie a commencé à combler le vide lié à la conservation des échantillons de champs pétrolifères et contribuera à l'élaboration de protocoles normalisés pour l'analyse métagénomique.

En savoir plus sur notre portefeuille de services ADNet entrez en contact pour découvrir les avantages qu'ils auraient pour votre processus et votre installation.


Jordan Schmidt

Jordan est titulaire d'un doctorat en génie civil spécialisé dans le traitement biologique des eaux usées. Au cours de son doctorat, Jordan a participé à des évaluations sur le terrain à grande échelle d'étangs de stabilisation des déchets municipaux dans le territoire canadien du Nunavut. Il possède une expertise variée incluant la science des données, la conception expérimentale, la programmation statistique et le traitement complet des eaux usées municipales. Lorsqu'il ne travaille pas, Jordan pratique le kayak de mer, le camping dans l'arrière-pays dans le parc national Kejimkujik et l'escalade.

Articles connexes

Exemples de cocktails - Corrosion d'origine microbiologique

La corrosion microbiologiquement influencée (MIC) cause des milliards de dollars de dommages chaque année. Le MIC affecte diverses industries, notamment le transport maritime et le transport maritime, le traitement des produits chimiques et pétroliers, la production d'électricité, le traitement de l'eau et l'aviation, entre autres. Le MIC résulte du métabolisme coopératif entre les micro-organismes et les surfaces métalliques qui accélèrent les processus de corrosion. En bref, des micro-organismes spécifiques présents naturellement dans … Suite
données de métagénomique

Quatre façons de tirer le meilleur parti de vos données métagénomiques

La métagénomique est un domaine émergent La métagénomique est un domaine en évolution rapide, avec de nouveaux articles publiés et de nouveaux produits et services offerts chaque année. Étant donné que l'analyse métagénomique est un domaine relativement nouveau en microbiologie, des procédures standard sont encore en cours d'élaboration par différents chercheurs et entreprises. Si les résultats doivent être comparables entre différentes institutions de recherche et entreprises, il… Suite
Votre navigateur est expiré!

Mettez à jour votre navigateur pour afficher ce site correctement. Mettre à jour mon navigateur maintenant