乔丹施密特

Jordan拥有土木工程博士学位,专门从事生物废水处理。 在他的博士学位期间,约旦为加拿大努纳武特地区的城市垃圾稳定池进行了全面的实地评估。 他拥有多元化的专业背景,包括数据科学,实验设计,统计规划和全面的城市污水处理。 当他不工作时,乔丹喜欢在Kejimkujik国家公园进行海上皮划艇,野外露营和攀岩。

什么名字? NGS数据中有机体命名的三个错综复杂

对于有机体编目或将测序数据转换为分类学数据没有通用方法,因此在分析DNA相关数据时需要仔细检查方法和结果。 下面讨论三个错综复杂的问题:


暂定

生物体的正式命名由一组称为“生物体”的规则决定 国际原核生物命名法典. 对于要被批准和命名的生物体,有一些要求,包括在培养物集合中的培养和储存,例如 美国典型文化收藏。 然后,个体可以从培养物集合中获得生物样品用于进一步研究或使用。 DNA测序的兴起开辟了识别难以培养和储存的生物的潜力。 已经制定的做法是增加临时状态 暂定 (候选人的拉丁语)有机体名称。

在工程系统内, 暂定 有机体已被证明是非常重要的。 例如,在废水处理系统中,存在几种重要的磷积累(即。 暂定 Accumulibacter)和annamox(即。 暂定 Brocadia, 暂定 Scalindua)有机体。


分类数据库

有许多分类学数据库可用于将测序读数(由测序设备输出的C,G,A和T核苷酸的串)翻译成分类树,其中包含有关王国,门,类,秩序,家族的信息和Genus。 对于16S测序,这对于研究细菌和古细菌非常常见,常用的数据库包括SILVA,RDP和Greengenes。

这些数据库中的每一个在组成上略有不同,包括有机体的总数。 DNA测序是一个快速发展的领域,导致频繁更新数据库。 在将分析的数据与两个不同的分类数据库进行比较时,这可能会导致差异和分配错误。


JGI 0001001-H03

什么生物体是JGI 0001001-H03? 通常在您的结果中,您会看到具有无意义,看似随机的字母数字名称的生物。 已经使用测序鉴定了这些生物,然而,它们未必充分表征。 生物体经常被提交给更大的遗传数据库,如NCBI(国家生物技术信息中心),并指定非正式名称。 随着生物体的进一步表征,它被赋予更正式的名称。 例如,产甲烷菌WSA2最近更名为Candidatus Methanofastidiosum,经过进一步研究和表征 Nobu餐厅 等。 人。 (2016).

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