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données de métagénomique
Michael Thomas

Avec un B.Sc. En chimie médicinale et expérience de l'application et de la vente d'instruments de terrain et de laboratoire, Mike est notre spécialiste des sciences et de la technologie, également connu sous le nom de notre scientifique des applications. Le rôle de Mike consistera à faire en sorte que les clients exploitent pleinement notre plate-forme d’activation logicielle afin de tirer le meilleur parti de leurs données sur la qualité de l’eau. Ses passions sont la musique, la lecture, les grillades et la science, mais pas nécessairement dans cet ordre. Pendant les courts étés du Canada, il passe du temps à essayer les brasseries artisanales locales, à faire des excursions en voiture pour des concerts et à explorer les parcs et les sentiers de randonnée des Maritimes.

Quatre directives importantes pour tirer le meilleur parti de vos données métagénomiques

La métagénomique est un domaine émergent.

La métagénomique est un domaine en évolution rapide, avec de nouveaux articles publiés et nouveaux produits et services offerts chacun an. Étant donné que l'analyse métagénomique est un domaine relativement nouveau en microbiologie, des procédures standard sont toujours en cours d'élaboration par différents chercheurs et entreprises. Si les résultats doivent être comparables entre différentes institutions de recherche et entreprises, il est important qu'en raison diligence est attribué à chaque étape du procédure de métagénomique. A commentaire publié par des chercheurs néerlandais en microbiologie clinique et infection expose une série de directives de base que les scientifiques peuvent suivre pour s'assurer qu'ils tirent le meilleur parti de leurs données de métagénomique. Le document explique également certaines limites de technologie actuelle à des fins de rapport.

Les 4 directives importantes pour les données de métagénomique sont:

Échantillonnage: il est important qu'un échantillon approprié soit prélevé pour le séquençage. Dans certains cas, vous voudrez un échantillon représentatif, tandis que dans certains cas, vous voudrez un échantillon diagnostique. En tant que tel wnous offrons une utilisation simple 5 minutes L'ADN kit de conservation that est utilisé pour empêcher la dégradation de la communauté microbienne pendant le transport.

Extraction d'ADN: la méthode utilisée pour extraire et purifier l'ADN aura un impact sur l'ADN récupéré, et donc les résultats du séquençage. C'est un domaine de notre expertise, grâce à notre vaste expérience dans l'extraction ATP des cellules depuis plus de 16 années.

Préparation de l'ADN: lors de la préparation de l'ADN pour le séquençage, les produits chimériques doivent être évités afin d'assurer la qualité des données. Des séquences chimériques sont générées si l'amplification par PCR est autorisé à courir pendant trop de cycles - ce sont essentiellement Des séquences de Frankenstein qui contiennent des extraits de l'ADN de différents organismes et qui ressembleront à de nouveaux organismes!

Reporting: une base de données sur les organismes de haute qualité est nécessaire pour interpréter et convertir les données brutes de NGS dans un format utile. Nous avons plus de 16 ans d'expérience de travail avec des micro-organismes dans un large éventail d'industries, y compris le pétrole et le gaz, les eaux usées, l'eau potable et l'industrie - avec des progrès réalisés dans de nouvelles industries tout le temps. Données NGS de LuminUltra classera les organismes au niveau du genre mais n'entrera pas dans les détails au niveau de l'espèce. En effet, le gène 16S de la plupart des organismes ne contient pas suffisamment d'informations pour être classé au niveau de l'espèce. Certains organismes peuvent être classés au niveau de l'espèce à l'aide de ce gène, mais la grande majorité de les organismes n'ont pas suffisamment de diversité inter-espèces pour être différenciés à l'aide de cette méthode. Bien que certains services soient classés au niveau de l'espèce, ces résultats doivent être analysés avec une extrême prudence car il y a une probabilité accrue d'une identification faussement positive.

LuminUltra s'engage à fournir une analyse avancée dans un format simple à comprendre. Cela permet aux exploitants et gestionnaires de réseaux d'eau un regard unique sur les organismes vivant dans leurs systèmes et processus. Pour plus d'informations sur NGS ou pour en savoir plus sur nos autres produits et services disponibles, téléchargez notre GeneCount la famille brochure or nous contacter.

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